هیچ پاسخ کوتاهی برای این سؤال وجود ندارد. اگر روی انتخابات تمرکز کنیم می‌توانیم به این نتیجه برسیم که مردم حاکمان اصلی هستند.
از زاویه‌ای دیگر، گروهی از نخبگان غیرنظامی، بوروکرات‌های بلندپایه، مقامات عالی‌رتبه و نظامیان بر این کشور حکومت می‌کنند. این افراد از طریق پیوندهای خویشاوندی یا قدرت،پول و منافع مالی مشترک به یکدیگر پیوسته‌اند. نظر دیگر آن است که پاکستان از طریق نظامیان و با کمک بوروکراسی اداره می‌شود. احتمالا تعدادی از سیاسیون غیرنظامی نیز به‌کار گمارده می‌شوند تا اینطور به‌نظر برسد که کشور به شیوه سیاسی غیرنظامی اداره می‌شود. درهر حال، قدرت اصلی در دست نظامیان بلندمرتبه است.عده‌ای از مردم پاکستان معتقدند تصمیم‌های مهم برای این کشور در واشنگتن گرفته می‌شود. دولت ایالات متحده، صندوق بین‌المللی پول و بانک‌جهانی گاهی اولویت‌های اقتصادی و سیاسی خود را به پاکستان تحمیل می‌کنند.
با نگاهی به فعالیت قضایی در دیوان عالی و دادگاه‌های عالی و تلاش‌های متناوب آنها برای مدیریت امور سیاسی و دولتی در سطح بالا می‌توان گفت قضات دیوان عالی و دادگاه‌های عالی بر این کشور حکومت می‌کنند. دولت مردمی منتخب گاهی خود را از جانب این دادگاه‌ها تحت فشار می‌بیند. یک نخست‌وزیر ازکار برکنار شد و یکی دیگر برجای ماند. بعد از پایان نخست‌وزیری یوسف‌رضا‌گیلانی به حکم دیوان عالی، دونفر از شش وزیر سابق این دولت به‌خاطر برخی تصمیم‌گیری‌ها متهم هستند.آیا نهادهای دولتی باید به استقلال یکدیگر احترام بگذارند یا یک نهاد در امور همه نهادها مداخله کند؟
موضوع زمانی پیچیده‌تر می‌شود که به جریان‌های تندروی شبه‌نظامی پاکستان بپردازیم و جایگاه و فعالیت‌های آنها را نیز مورد توجه قرار دهیم. طالبان و سایر گروه‌های تندرو به جایی رسیده‌اند که در برخی قسمت‌های پاکستان عملا کنترل اوضاع را به‌دست گرفته‌اند. در قسمت بلوچستان نیز خشونت بسیار زیاد شده و به‌نظر می‌رسد هر گروه برای نشان دادن برتری خود می‌جنگد. کراچی یکی دیگر از نمونه‌هایی است که نشان می‌دهد چطور یک منطقه بی‌دفاع توسط گروه‌های مختلف مسلح، تندروهای مذهبی، سیاسیون تندرو و مافیای مواد‌مخدر احاطه می‌شود.
وقتی دادگاه عالی اسلام آباد تصمیم گرفت ژنرال پرویز مشرف، رئیس‌جمهور پیشین را دستگیر کند بیشتر رهبران سیاسی غیرنظامی خوشحال شدند و او را به‌خاطر درد و رنج سیاسی پاکستان سرزنش کردند. مجلس سنا هم با صدور قطعنامه‌ای خواستار محاکمه مشرف شد و به‌خاطر خیانت به کشور او را مستحق مرگ دانست.تعدادی از رهبران غیرنظامی نیز درخواست کردند مشرف مانند یک فرد عادی محاکمه شود تا معلوم شود همه در برابر قانون یکسان هستند.
دیوان عالی پاکستان پیش از این هرگز یک حاکم نظامی را در زمانی که برسر قدرت بوده، کنار نگذاشته است.به هرحال اکنون آنهایی که طی سال‌ها از مشرف دل خوشی نداشتند می‌توانند به انتقام بیندیشند و عده‌ای نیز به فکر عدالت هستند. این بسیار دشوار است زیرا خیلی‌ها در زمان حکومت مشرف رنج کشیده‌اند. در پاکستان سنتی دیرینه وجود دارد که حاکمان سابق را مجازات کرده‌اند تا دیگران عبرت بگیرند. برخی را نیز به مرگ محکوم کرده‌اند.
در حال حاضر دولت فدرال موقت وظیفه حمایت از کمیسیون انتخابات را به‌عهده دارد تا این انتخابات عادلانه و آزاد برگزار شود. طالبان در هفته‌های منتهی به انتخابات بر حملات خونین خود افزود و چندین نامزد انتخابات را ترور کرد و با حمله به ستادهای انتخاباتی قربانیان زیادی گرفت. احزاب سیاسی هم از سوی طالبان تهدید شده‌اند و رهبران و فعالان این احزاب هر لحظه منتظر حمله و تهدید ترور طالبان هستند.
علاوه بر خطر رویارویی با تروریست‌ها و شبه‌نظامیان تندرو در کراچی و بلوچستان، چالش‌های امنیتی و اداری دیگری نیز وجود دارد. اینک دولت محافظه‌کار پاکستان به‌طور ناگهانی با موضوع پیش‌بینی نشده دستگیری و محاکمه ژنرال مشرف روبه‌رو شده است. دیوان عالی از دولت محافظه‌کار خواسته موضع خود را در مورد مشرف و خیانت او و بند شش‌قانون اساسی توضیح دهد. امکان دارد مورد اخیر بیش از سایر موارد توجه دولت موقت را جلب کرده و از برگزاری انتخابات عادلانه و آزاد غافل شود. نکات دیگری نیز وجود دارد که مورد غفلت قرار گرفته‌اند؛ نکاتی مانند اقتصاد بیمار، تندروهای مذهبی و تروریسم.
با درنظر گرفتن حساسیت روابط نظامی- غیرنظامی، مهم است که رهبران سیاسی و نهادهای دولتی غیرنظامی اطمینان دهند که همه این شور و هیاهو بر سر محاکه مشرف به بهانه‌ای برای زیرسؤال بردن ارتش تبدیل نشود. هرگونه تنش در رابطه نظامیان و غیرنظامیان در پاکستان می‌تواند موجب متزلزل شدن این رابطه شود. به‌ویژه زمانی که ارتش انتخابات را برگزار می‌کند و با تروریسم می‌جنگد. تا زمانی که مشخص نشود چه کسی واقعا بر پاکستان حکومت می‌کند نهادهای دولتی پاکستان نیز به یک سیاست مشخص دست نخواهند یافت.
